Según palabras de Jean-Louis Bruguiere, ex magistrado francés que lideró la unidad judicial antiterrorista francesa hasta 2007, la organización tuvo «claros y prolongados vínculos con el terrorismo y la jihad»
Se habla también de vínculos con el terrorismo por parte de varias ONGs Internacionales Islámicas, donde sus activistas dominan el liderazgo de las mayores organizaciones benéficas, se hace referencia también a la participación de las mismas en el conflicto de Bosnia, y la conexión con grupos extremistas de Irán y Argelia (esta ONG especificamente)
Dentro de los principales objetivos de estas organizaciones se incluyen proselitismo, ayuda a los necesitados, y la defensa de las comunidades musulmanas de los enemigos ofreciéndoles ayuda militar como parte del “paquete humanitario”.
“ En 1999 la IHH tuvo un papel en la organización que lideró el complot de Al-Qaeda contra el aeropuerto internacional de Los Angeles” declaró el francés Bruguiere y participó ayudando a Ben Laden cuando empezó a planear atentados en Estados Unidos.
En el año 2008 Israel habló de la vinculación de la IHH, con Hamas y sus frentes dentro de la Union of Good.
