La decisión fue adoptada por la Sala I de la Cámara Federal, integrada por conjueces de la Cámara del Crimen, y se decidió que el juez Ariel Lijo quede al frente del caso.
El juez, con pedidos de juicio político por no investigar debidamente las irregularidades, había sido cuestionado por las demoras en la causa y por «falta de imparcialidad» debido al vínculo laboral que tuvo con el ex ministro de Interior menemista Carlos Corach, de quien había sido asesor en la Subsecretaría General de la Presidencia, y subsecretario en la Secretaría Legal y Técnica durante el menemato.
Cuando la Unidad de Investigación Especial (UEI) del Ministerio de Justicia, liderada por Alejandro Rúa, acusó al juez por su actuación en la investigación, sostuvo que el magistrado incurrió en “parcialidad” y “retardo” de Justicia.
A principio de año, Bonadío ordenó una serie de interrogatorios para, entre otros, el ex jefe de la SIDE, Hugo Anzorreguy, el suspendido juez a cargo de la causa Juan José Galeano, los ex secretarios de su juzgado, los fiscales del caso (José Barbaccia y Eamon Mullen), ex policías, ex agentes de inteligencia, varios abogados y Carlos Telleldín. Sin embargo, curiosamente, no citó a declarar a Corach, que había sido denunciado por el Tribunal Oral Federal número 3 que llevó adelante el juicio por la conexión local al atentado a la AMIA
